就運行來說，一些工業企業缺乏深度治理設施，且運行管理不到位，無法穩定達標排放。而早期建設的城市生活污水處理廠不具備脫氮除磷的功能，迫切需要進行提標改造。不少污水處理廠污水管網不配套，運行負荷率低，運行水平低下、污水處理費征收不足、監管不力等因素也影響實際處理效果，這些都使我國目前氨氮去除效率總體較低。” 而在各地進行的污水處理廠提標改造實踐也證明，不少“先天不足”的因素增加了脫氮除磷的難度。

由于我國城鎮污水水質水量變化較大、污水碳氮比普遍偏低、進水無機懸浮固體普遍偏高，再加上低水溫和工業廢水的影響，要想持續穩定達標比較難。 他同時指出，相對于除磷，現有污水處理廠工藝中對氮的去除較為局限，只能通過生物反硝化過程來實現。

我們面臨的一個先天難題就是城鎮污水的碳氮比普遍偏低，導致總氮去除效果不理想。“（污水）沒有達到歐美國家的碳源濃度，這和目前的管網設施缺陷是有關系的。比如現有的污水管網一般會受到雨水以及地下水的影響，導致碳氮比較低。” 而在提標改造中，工業排放的問題已經顯現。談到升級改造中遇到的困難，碳源不足和硝化問題是全國城市污水處理廠生物脫氮面臨的棘手問題。