碳源是有機物，有機物作為電子供體，其本身的分子結(jié)構(gòu)和所含化學鍵能的高低以及該有機物是否易于生物降解、對微生物有沒有毒害影響是判斷碳源種類的重要依據(jù)。

目前反硝化補充碳源主要使用的有機物質(zhì)有：甲醇、乙醇、葡萄糖、淀粉、乙酸鈉、糞便、有機廢水等。其中成本、安全和適用性成為選擇哪一種碳源的依據(jù)。

甲醇和乙醇分子式簡單，屬于微生物可以快速降解的有機物，可以作為良好的碳源供反硝化細菌使用。但甲醇和乙醇價格較高，增大了市政污水處理廠的運行成本，不利于成本管理。可以利用以甲醇和乙醇為主的工業(yè)廢料作為碳源，成本較低，但該工業(yè)廢料應考慮碳源濃度和有毒有害雜質(zhì)的問題。甲醇和乙醇投加還必須注意防火防爆的問題。甲醇和乙醇作為易燃易爆物質(zhì)，存在較高的危險性，在成品管理，投加動力機械的電機防爆等方面必須嚴格要求和控制，避免出現(xiàn)生產(chǎn)安全事故。另外工業(yè)級甲醇和乙醇存在低毒性，投加時操作人員必須注意勞動防護問題。

乙酸鈉作為強堿弱酸鹽和有機物，微生物可快速降解，價格稍高。但其作為碳源同時還可以作為pH緩沖劑，均有良好的效果。并且在市政污水處理廠使用乙酸鈉作為碳源，由于其投加量的限制，并不會產(chǎn)生鹽分對微生物的影響，可以放心使用。同理甲酸和乙酸等簡單的有機酸均可以作為碳源，只要控制好反硝化系統(tǒng)中的pH即可。

糞便作為最廉價的碳源，具有較高的效果。但應注意糞便應使用進行過漚肥后的糞便，其中的有機質(zhì)已腐殖化，否則難以被反硝化細菌快速、高效的利用。糞便中含有較多的有毒有害物質(zhì)和異種微生物，使用投加應根據(jù)廠內(nèi)生化系統(tǒng)的實際狀況謹慎考慮。糞便投加還存在環(huán)境衛(wèi)生的問題，所以目前糞便作為碳源使用并不廣泛。